有机硅助剂可导致叶片表皮细胞角质层“析解”，使其保水能力下降，细胞受损，而产生药害，其主要药害征状表现为植物叶片失绿干枯，果树果实上产生不正常褐色沉淀或晕圈等，严重影响作物产量或质量。有机硅助剂药害的发生与作物品种、药剂种类、助剂使用浓度、植株叶片着药量、施药时温度等密切有关。叶片蜡质层较薄、易被润湿作物（如黄瓜、豆角等）较叶片蜡质层较厚的水稻、大姜、大葱等作物更容易发生药害，甚至不同的果树品种出现药害的程度也不同；在除草剂（如快灭灵、烟嘧磺隆、氟磺胺草醚等）药液中添加有机硅助剂出现药害的风险要大于杀虫剂和杀菌剂，尽管如此，在喷施杀虫剂和杀菌剂时添加有机硅助剂也存在发生药害的现象；在易发生药害的作物上或喷施易发生药害的药剂品种时，有机硅助剂使用的浓度越高，发生药害的风险越大；植株叶片着药量越大，施药时温度越高导致药害的风险越大。
在使用农药添加有机硅助剂要注意以下四点：
一、在没有使用经验时，针对某种作物和某种药剂一定要先试验后推广，以免造成难以挽回的大面积作物药害。
二、注意有机硅助剂的使用浓度，不可随意增加用量。一般有机硅助剂的有效使用浓度要低于常规喷雾助剂，因此使用有机硅助剂的添加量要比常规喷雾助剂要降低一些。以喷雾的药液量来计算，添加浓度应控制在0.1%以下。
三、在果树上应用时不要直接喷到果实上或者在果实套袋以后再用。
四、切忌高温施药，在气温超过30℃以上时不要喷施加有有机硅助剂的农药。提倡在早晨或傍晚喷药，避免在烈日下喷药。
有机硅增效剂国内桶混的市场尚未教育成熟，加上应用研究技术尚未成熟便大力推广，使用不当，会像矿物油一样，时有药害发生，渠道推广起来更慎重，尤其与敏感农药、本身使用有风险的药剂（如：植物生长调节剂、叶面肥、部分注明不能与表面活性剂混合）混用时，请试验后在保证安全的情况下使用。
